#! /usr/bin/env python
# coding=utf-8

import argparse
import sys
from argparse import RawTextHelpFormatter
import os

parser = argparse.ArgumentParser(
    description='''
    运行两次 racon
    run_racon_twice.py -g genome_with_mtDNA.fa -t 192 -r 20210105-NPL2985-P6-PAG41120.pass.fastq.gz -o result_racon_2.fa

    ''',formatter_class=RawTextHelpFormatter)


parser.add_argument('-g',
                help='输入的原始 基因组文件')

parser.add_argument('-t',
                help='使用的 thread 数目')

parser.add_argument('-r',
                help='输入的原始 long reads 文件')

parser.add_argument('-o',
                help='输出的fasta文件')


args = parser.parse_args()


if not args.g or not args.o or not args.r:
    parser.print_help()
    sys.exit()




genome = args.g
reads = args.r
outfile  = args.o
thread = int(args.t)




os.system('minimap2 -x map-ont -t %s %s %s -o map_1.paf' % (thread, genome, reads))
os.system('racon -t %s %s  map_1.paf %s  >  result_racon_1.fa' % (thread, reads, genome))

os.system('minimap2 -x map-ont -t %s result_racon_1.fa %s  -o map_2.paf' % (thread, reads))

os.system('racon -t %s %s  map_2.paf result_racon_1.fa >  %s' % (thread, reads, outfile))

# 不需要再加入一个线粒体



